Beliau memiliki nasab yg mulia dari kedua orang tuanya, yakni dari garis ibunya beliau keturunan Al-Imam Al-Qutb Al-Habib Abubakar As-Sakran bin Al-Imam Al-Qutb Al-Faqih Muqaddam Tsani Abdurahman Asseggaf, dan dari garis ayahnya beliau adalah keturunan Al-Imam Al-Qutb Al-Habib Alwi bin Al-Imam Al-Qutb Al-Faqih Muqaddam Tsani Abdurahman Asseggaf.
Susunan nasab dari garis ibunya :
Syarifah Futum binti Alwi bin Ahmad bin Alwi bin Ahmad bin Al-Qutb Ali bin Abdullah bin Abdurrahman bin Ali bin Aqil bin Abdullah bin Abubakar bin Alwi bin Ahmad bin Al-Imam Al-Qutb Abubakar As-Sakran bin Al-Imam Al-Qutb Abdurrahman Assegaf bin Muhammad Mauladawilah bin Ali bin Alwi Al-Qhoyyur bin Muhammad Faqih Muqaddam bin Ali bin Muhammad Shohib Mirbat bin Al-Imam Ali Khali’ Qasam bin Alwi bin Muhammad bin Alwi bin Ubaidillah bin Ahmad Al-Muhajir bin Isa Ar-Rumi bin Muhammad An-Naqib bin Ali Al-Uraidhi bin Ja’far As-Shadiq bin Muhammad Al-Baqir bin Ali Zainal Abidin bin Al-Husain bin Fathimah (istri Sayyidina Ali bin Abi Thalib KRW) binti Rasulullah MUHAMMAD SAW.
Susunan nasab dari garis ayahnya :
Al-Habib Ali bin Ja’far bin Syech bin Sagaf bin Ahmad bin Abdullah bin Alwi bin Abdullah bin Ahmad bin Abdurahman bin Ahmad bin Abdurrahman bin Alwi bin Ahmad Maula Maryamah bin Alwi bin Al-Imam Al-Qutb Abdurrahman Assegaf bin Muhammad Mauladawilah bin Ali bin Alwi Al-Qhoyyur bin Muhammad Faqih Muqaddam bin Ali bin Muhammad Shohib Mirbat bin Al-Imam Ali Khali’ Qasam bin Alwi bin Muhammad bin Alwi bin Ubaidillah bin Ahmad Al-Muhajir bin Isa Ar-Rumi bin Muhammad An-Naqib bin Ali Al-Uraidhi bin Ja’far As-Shadiq bin Muhammad Al-Baqir bin Ali Zainal Abidin bin Al Husain bin Fathimah (istri Sayyidina Ali bin Abi Thalib KRW) binti Rasulullah MUHAMMAD SAW.
Al-Habib Ali bin Ja’far Assegaf adalah generasi ke-37 dari Rasulullah Muhammad S.A.W.
Annasabah 
Semoga dengan diadakannya Khaul Habib Ali Bin Jaffar Assegaf,
Membuat generasi muda Alawiyin sadar betapa pentingnya Nasab
dan ikut menjaganya.
http://ahlulbaitrasulullah.blogspot.com